Pada awal tahun 2007, SF USP juga meluncurkan sebuah program peningkatan kualitas pendidikan di Madrasah agar lebih banyak lagi siswa di Indonesia menerima

pendidikan berkualitas.

Dengan konsep yang sama dengan program SF USP, kerjasasama antara Sampoerna Foundation dan Madrasah ini ditujukan untuk meningkatkan kualitas pendidikan di Madrasah Aliyah (setingkat SMA) yang berada dibawah naungan Pondok Pesantren sebagai pusat pendidikan formal bagi santri untuk menimba ilmu pengetahuan dan agama.

Sampoerna Foundation menyediakan beberapa program dukungan untuk menunjang peningkatan kualitas guru, keahlian manajemen sekolah, dan program pengembangan kualitas pendidikan di Madrasah. Disamping itu, Sampoerna Foundation juga berkomitmen untuk meningkatkan kualitas kegiatan belajar mengajar dan ekstrakurikuler serta standar fasilitas dan infrastruktur di Madrasah.

Saat ini, Sampoerna Foundation bekerjasama dengan 2 Pondok Pesantren:

• Pondok Pesantren Raudlatuth Tholibin (Rembang)
• Pondok Pesantren Annuqayah (Madura)